Logo que efetue o registro no site receberá um aviso com seu número de licença, como o abaixo:

VMware vSphere Hypervisor License     4543P-2E240-J8T30-09284-81QQN
This license key is only valid for VMware ESXi 4.1 and later.

Agora siga estes passos para registrar:

Registrando o VMWare ESXi
Abrir o vSphere Client
Clicar em Getting Started
Configuration
Licensed Features
Edit (acima e à esquerda)
Assign a new license to this host
Enter Key - digitar ou colar a licença como a mostrada acima e OK

Deve mostrar algo assim:

Product: vSphere 4 Hypervisor Licensed for 2 physical CPUs (1-6 cores per CPU)
License Key: 4543P-2E240-J8P30-09284-81QQN
Expires: Never

Product Features: 
Up to 256 GB of memory
Up to 4-way virtual SMP

Fonte: http://virtualizacao.ribafs.org/vmware/34-registrar-vmware-free