Para remover o Lilo basta utilizar o parâmetro -u do próprio Lilo:

lilo -u /dev/hda

Este comando vai reescrever o MBR (Master Boot Record) com a imagem original do MBR (normalmente /boot/boot.0XXX).

Pode-se também utilizar o seguinte comando:

dd if=boot.0XXX of=/dev/hda bs=445 count=1

Estes comandos devem ser executados como root.