Esses dois bugs foram corrigidos nas versões 1.4.17 e 1.4.18. Fácil então, só pegar o diff dessas correções e aplicar no meu SquirrelMail.
Fiz checkout do branch:
svn checkout http://squirrelmail.svn.sourceforge.net/svnroot/squirrelmail/branches/SM-1_4-STABLE/squirrelmail
Dei uma zapeada no changelog:
svn log -r{2008-09-25}:HEAD .
Achei os dois commits, pois em ambos os logs eles incluíram o código CVE.
Gerei os diffs somente do que eu preciso:
svn diff -c13338 > cookie.diff
svn diff -c13290 > xss.diff
Fiz uma cópia de backup obviamente antes de aplicar os patches (não tão amador assim, né?) e mandei bala:
patch -p0 < cookie.diff
patch -p0 < xss.diff
Um chunk falhou, mas ele falhou em um arquivo de changelog do SquirrelMail, sem problemas.
Pra garantir, eu testo a sintaxe dos scripts:
for i in $(find . -name *.php); do
php -l $i;
done
Tchanã! SquirrelMail seguro e funcionando. O único porém é a eternidade que levou pra puxar o log e fazer os diffs no subversion. Projetos, usem mercurial, git ou bazaar pelo amor de deus.


